Прошу прощения, самое просто у меня с головы вылетело =( Нельзя цикл в цикл размещать, то есть:
{% FOR %}
{% FOR %}
...
{% ENDFOR %}
{% ENDFOR %}
Вы правильно изначально делали, только при добавлении дополнительного пункта с выпадающим меню необходимо в разделе Сайт - Меню удалить старый вариант пункта меню, чтобы он не дублировался.
По порядку вывода пунктов, все зависит от того где вы разместили дополнительный пункты, до или после:
{% FOR menu %}
{% FOR header %}
{% FOR links %}
<li><a class="menuparent {% IF menu.header.links.SELECTED %}selected{%ENDIF%}" href="{menu.header.links.URL}" {% IF menu.header.links.TITLE %}title="{menu.header.links.TITLE}"{% ENDIF %}>{menu.header.links.NAME}</a></li>
{% ENDFOR %}
{% ENDFOR %}
{% ENDFOR %}