Дубликат каталога с скрытыми категориями будет выглядеть абсолютно одинаково обычному каталогу за исключением заголовка и одного условия. У вас сейчас в шаблоне "HTML" код каталога выглядит так
<div class="block">
<div class="title green fmlptn fnt18 over "><a href="{CATALOG_URL}" class="arrow-toggle">Каталог <span>магазина</span></a></div>
<div class="main ullinks fntarl fnt12">
<ul>
{% IFNOT catalog_full_empty %}
{% FOR catalog_full %}
{% IFNOT catalog_full.HIDE %}
<li class="{% IF catalog_full.LEVEL>0%}anone{% ENDIF %} {% IF catalog_full.CURRENT %}fnt12 b{% ENDIF %}{% IF catalog_full.LEVEL>1%}hidden{% ENDIF %}"><a href="{catalog_full.URL}" {% IF catalog_full.LEVEL>0%}style="margin-left:15px; background:#e5dfd3; color:#000;padding-left:{catalog_full.LEVEL | multiply("10")}px"{% ENDIF %}>{catalog_full.NAME}</a></li>
{% ENDIF %}
{% ENDFOR %}
{% ENDIF %}
</ul>
</div>
<div class="bottom"></div>
</div>
замените данный код каталога на следующий код
<div class="block">
<div class="title green fmlptn fnt18 over "><a href="{CATALOG_URL}" class="arrow-toggle">Каталог <span>магазина</span></a></div>
<div class="main ullinks fntarl fnt12">
<ul>
{% IFNOT catalog_full_empty %}
{% FOR catalog_full %}
{% IFNOT catalog_full.HIDE %}
<li class="{% IF catalog_full.LEVEL>0%}anone{% ENDIF %} {% IF catalog_full.CURRENT %}fnt12 b{% ENDIF %}{% IF catalog_full.LEVEL>1%}hidden{% ENDIF %}"><a href="{catalog_full.URL}" {% IF catalog_full.LEVEL>0%}style="margin-left:15px; background:#e5dfd3; color:#000;padding-left:{catalog_full.LEVEL | multiply("10")}px"{% ENDIF %}>{catalog_full.NAME}</a></li>
{% ENDIF %}
{% ENDFOR %}
{% ENDIF %}
</ul>
</div>
<div class="bottom"></div>
</div>
<div class="block">
<div class="title green fmlptn fnt18 over "><a href="{CATALOG_URL}" class="arrow-toggle">Каталог <span>магазина</span> 2</a></div>
<div class="main ullinks fntarl fnt12">
<ul>
{% IFNOT catalog_full_empty %}
{% FOR catalog_full %}
{% IF catalog_full.HIDE %}
<li class="{% IF catalog_full.LEVEL>0%}anone{% ENDIF %} {% IF catalog_full.CURRENT %}fnt12 b{% ENDIF %}{% IF catalog_full.LEVEL>1%}hidden{% ENDIF %}"><a href="{catalog_full.URL}" {% IF catalog_full.LEVEL>0%}style="margin-left:15px; background:#e5dfd3; color:#000;padding-left:{catalog_full.LEVEL | multiply("10")}px"{% ENDIF %}>{catalog_full.NAME}</a></li>
{% ENDIF %}
{% ENDFOR %}
{% ENDIF %}
</ul>
</div>
<div class="bottom"></div>
</div>
если обратить внимание на приведенный код, то каталог продублировался с изменением строки
<a href="{CATALOG_URL}" class="arrow-toggle">Каталог <span>магазина</span> 2</a>
и строки
{% IF catalog_full.HIDE %}